L’Alt Empordà és una de les dues comarques en què va quedar dividit l’Empordà en la divisió comarcal de 1936, a les Comarques Gironines. Té la forma d’un triangle invertit amb corbes que situa la seva base en direcció als Pirineus. El 1936, any de la primera comarcalització oficial de Catalunya, s’aprovà, basant-se més en criteris econòmics i de mercat que no pas històrics, geogràfics o culturals, la divisió de l’Empordà en dues comarques administratives, el límit de les quals es va fixar aprofitant la línia imaginària que recorre el Massís del Montgrí i segueix entre la divisòria d’aigües de les conques del Ter i el Fluvià
Geogràficament, l’Alt Empordà està situat al sector nord-oriental de Catalunya. La comarca fa frontera amb França, amb els Pirineus axials, on dominen les roques granítiques i pissarrenques. Destaquen l’Albera amb el Puig Neulós (1.256 m) i les Salines amb el Roc de Frausa (1.421 m) i el Roc del Comptador (1.451 m), aquest darrer el cim més alt de l’Empordà. Aquest sector del Pirineu axial separa la plana de l’Empordà de la del Rosselló. La comunicació entre ambdues planes no és fàcil i la situació dels colls ha condicionat l’establiment de les vies de comunicació. Actualment el coll del Pertús (283 m), entre La Jonquera i El Voló, i situat gairebé al centre de la franja pirinenca de l’Empordà, és el pas més freqüentat. Pel Pertús passen la carretera nacional i l’autopista que uneixen Barcelona, Girona i Figueres amb Perpinyà i la resta de França. Cap altra carretera principal travessa aquestes muntanyes frontereres. El ferrocarril passa per l’extrem oriental, ran de costa, entre Portbou i Cervera de la Marenda. El traçat del ferrocarril obligà l’obertura de nombrosos túnels i la construcció de diversos ponts. La carretera que segueix la direcció del ferrocarril fa nombrosos revolts..